故事的开端相信很多人通过DS游戏已经了解到了，一项不行的大雄在后山丢了0分考卷，然后到处找，不小心摔倒之后在一棵树苗上找到了卷子，十分感激小树苗的大雄看到孤零零的树苗起了怜悯之心，找地方想要种下，可是到处都是工地，家里妈妈又不让。
于是正在整理道具做检修准备的哆啦A梦拿出了植物自动化液，小树第二天活了起来起名叫树小子，大雄那他当亲兄弟搬看待，家人和朋友们也渐渐认识并接纳了树小子。
大雄和朋友们带着树小子一起在后山愉快的玩耍，时间都觉得不够用，于是哆啦A梦拿出时间门 让时间慢下来，不过道具检修的时候到了，在哆啦美的催促下，大部分道具都送去检修了，不过有了时间门他们还是玩的很开心。
一天几个伙伴们在后山看到了奇怪的植物，然后突然就被UFO吸走奔向了宇宙。
当他们再次汇集的时候却发现树小子不见了，而身边到处都是后山的植物还看到了植物星上的人，貌似友好的植物星人带大雄他们来到了绿之星·Green，这里到处都是植物样子的人令他们感到很惊奇。
与此同时，树小子掉落在另外的地方，遇到了一个脾气不怎么好的少女，而且顽皮的树小子似乎惹怒了她，不过好在有位长者帮他解了围，长老了解到树小子想找大雄的心情。
到绿之星的大雄他们，被带往参加一个议会，主持会议的正是绿之星的公主莉蕾，大雄他们都觉得她很漂亮，会上各种植物星人都在为地球上植物的悲惨境遇感到叹息，有人希望让地球上的植物都到Green上安家，讲到对地球不利的地方时，几个伙伴激动的喊了出来，于是议会一片混乱，几经挣扎才终于逃了出来，不过绿之星的人也紧追不舍，公主在坐叶子上飞着跟进，一个不小心，莉蕾的叶子翻出了很远，然后绿之星的植物兵们找不到公主和地球人们了，一直想要让绿色巨人复活毁掉地球上的动物的希拉对手下们说，是地球人绑架了公主，要讨伐地球，同时也有让树小子成为绿色巨人的“核”的想法 （预告片里边莉蕾说的那句一切为了绿色，漫画里是希拉说的）。
大雄他们在逃跑的路上遇到了树小子，而树小子一开始惹怒的就是公主莉蕾，之后莉蕾跟他们一起来到了一个村子，在村子里边他们听到了保护绿色的绿巨人的传说，莉蕾非常不屑的讲绿巨人是很可怕的怪物，不过这短暂的相处，也让莉蕾认识了这样几个可爱的地球人，他们一起来到地球...