世界观被设定在比现代稍稍未来一些的日本，在安满泽村的陨石落下以后，各地相继产生着被称为“TYPE-E”（E能力保持者）的突然变异种人类。不过世间普通人类对他们的存在并不知晓。E能力保持者自己也不明白自己天生力量的奥秘，因此大部分能力者隐藏着力量过着普通的生活。国家机密机构“未知”对这些突然变异种“TYPE-E”的存在却很清楚，一个对这些能力分析和能力保持者的特定计划，从绝密的层面开始了……
此次故事发生在前作作5年后，主角换成一个叫君冢麻织的女孩，第一部中的主人公海老原千波美沦为配角，变身战斗大片即将拉开序幕……