“男塾”——继承武士道精神、以培养真正的男子汉为目标的寄宿制私塾——今年又迎来了一批生龙活虎的新生，其中包括文武双全沉默寡言的剑桃太郎、性格坚韧顽强的源次、在山里长大的虎丸，以及胆小软弱的秀麻吕。秀麻吕是黑道小开，母亲看他不成器，特地把他送进这所学校磨炼。
男塾的训练非常严酷，教官们也毫不容情。秀麻吕不堪忍受逃了出去，最终还是回到了学校，桃太郎自愿和他一起受罚。同甘共苦的生活让一号生们建立起了深厚的友情。
与男塾有私怨的伊达臣人集结起一群实力高手组成关东豪学连攻进塾内。塾长制止了混战，提出用“惊逻大三凶杀”来决胜负。所谓“惊逻大三凶杀”是拥有数百年历史的决斗方式，两队必须各选出三名成员在三处险境中生死相搏。第一凶“崩落密闭关”，在危险的洞窟中，虎丸施展自创拳法力拼中国拳术达人月光。第二凶“断崖宙乱关”，源次与美少年飞燕在悬崖峭壁上进行空中死斗。第三凶“顶麓大泥叠关”，在灼热的岩浆池上，只有几块凸起的岩石可以落脚，桃太郎和豪学连总长伊达在此展开最后的决战……
此时，塾生们聚集在富士山下的古寺宝狱院中为桃太郎助威。秀麻吕受到激励也终于鼓起了勇气，身材瘦小的他奋力扬起重达三百公斤的塾旗。桃太郎与伊达的死斗将决定男塾的未来……